Kisah novel Atheis bermula dengan tokoh "saya" yang kemudian menjadi narator atas kisah hidup Hasan, salah satu karakter dalam cerita karangan Achdiat Karta Mihardja.

Hasan adalah tokoh utama dalam novel Atheis. Dia merupakan seorang pemuda desa yang puritan dan polos. Anak seorang pensiunan mantri guru penganut Islam tirakat yang kuat.
Ketika menapaki usia matang, Hasan menjadi pemuda yang begitu beriman kepada Islam, agama yang diajarkan oleh bapaknya dan ia yakini sebagai kebenaran mutlak.

Sejak kecil, Hasan belajar ilmu agama secara tekun di bawah bimbingan bapaknya. Pernah sekali waktu, saking getolnya belajar tirakat agama Islam, Hasan mengidap TBC lantaran melaksanakan ritual mandi 40 kali dalam semalam.

Berkat didikan agama dari bapaknya yang keras, Hasan tumbuh menjadi pemuda yang taat ketika ia memutuskan untuk merantau ke kota Bandung. Oleh kawan sejawatnya di Kotapraja Bandung, Hasan sering disebut sebagai kiyai karena kedalaman ilmu agama yang ia miliki.
Namun, Bandung tidak hanya memberikan Hasan pekerjaan. Kota itu ternyata juga memberikan Hasan pergolakan iman.

Ketika sedang bekerja, Hasan dikunjungi oleh Rusli, kawan masa kecilnya. Rusli datang ke tempat kerja Hasan bersama gadis bernama Kartini. Pertemuan nostalgia tersebut ternyata menjadi awal mula kisah Hasan mengalami pergolakan iman.

Rusli tumbuh berlainan arah dengan Hasan. Jika Hasan tumbuh menjadi pemuda yang taat agama, Rusli justru menyelami marxisme.